COVID-19, retours sur la mobilisation du CNRS en Rhône Auvergne
Plus d'un an après le début de la crise sanitaire liée au Sars-Cov-2, le CNRS revient sur certains projets de recherche des laboratoires ainsi que sur les actions de communication – articles, podcasts, vidéos, listes d’experts et expertes – mises en œuvre pour accompagner la compréhension de cette période particulière.
« Face aux questions suscitées par la crise, la richesse du CNRS est d’avoir des experts et expertes dans tous les domaines », assure Alain Schuhl, directeur général délégué à la science du CNRS. Dès les premiers jours, l’organisme a ainsi mobilisé toutes ses disciplines, ses ressources et instruments pour apporter des pistes sur les crises liées à une pandémie en constante évolution. CNRS Info, rubrique nationale du CNRS sur les grandes actualités de la recherche, revient sur une année particulièrement dense. Voici un extract de ce dossier sur les recherches en Rhône Auvergne. Autant de sujets et bien d'autres, ailleurs en France, sont à découvrir dans le dossier spécial de CNRS Info.
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Focus : recherches locales à fort impact
Afin de trouver de nouvelles molécules ayant une activité sur le virus SARS-CoV-2, des équipes s’intéressent au repositionnement de médicaments. Le but : trouver une molécule efficace contre le virus et sans effet indésirable pour le patient (recherches du Centre international de recherche en infectiologie - CIRI). Autre piste de traitement : une équipe du Centre de recherche en neurosciences de Lyon (CRNL) étudie le déficit olfactif dû à la COVID-19 et les difficultés qu’il cause dans la vie sociale (isolement, symptômes dépressifs). Elle a montré qu’un entraînement olfactif quotidien augmente les chances de récupération des capacités olfactives et milite aujourd’hui pour une prise en charge de ces déficits. Pour proposer un traitement au plus tôt, le dépistage est indispensable. Des scientifiques de l'Institut de recherches sur la catalyse et l'environnement (IRCELYON), de l'Institut des sciences analytiques (ISA) et du CIRI, testent ainsi une nouvelle méthode pour détecter le Covid-19 grâce aux molécules présentes dans l’air expiré de manière aussi simple et rapide qu’avec un éthylotest. Une étude clinique de grande envergure est menée avec les Hospices civiles de Lyon. Les modèles conçus au CNRS ont eux aussi des effets concrets : c’est par exemple le cas de Vincent Calvez, médaille de bronze du CNRS travaillant à l’Institut Camille Jordan, qui a apporté, avec une équipe de chercheurs mahorais et l’ARS de Mayotte, les éclairages scientifiques sur l’évolution de l’épidémie qui ont amené les autorités à reconfiner l’archipel : le scientifique cherche à minimiser la somme des coûts humains, économiques et sociaux sous contrainte d’une capacité limitée des unités de soins intensifs. Autre exemple de modélisation : le suivi de la pandémie à l’échelle de villes ou de quartiers en analysant les eaux usées. Et c’est là l’objectif du projet Obépine (OBservatoire ÉPIdémiologique daNs les Eaux usées), soutenu par le ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation (Mesri). Il regroupe aujourd'hui huit laboratoires dont le Laboratoire microorganismes, génome et environnement (LMGE). Plusieurs études se sont par ailleurs intéressées aux ajustements de nos modes de vie et de travail, et à la pluralité de facteurs qui influencent les comportements et opinions face à la crise : confiance dans les scientifiques et le gouvernement, ressenti de la dangerosité du virus et surtout conditions de vie. C'est le cas du projet DISTANCING du Groupe d'analyse et de théorie économique Lyon Saint-Etienne (GATE) sur l'évolution des préférences sociales en période de crise sanitaire aigüe. Dès mars 2020, de nombreuses enquêtes ont également recueilli des témoignages sur les expériences et les implications de la pandémie, en France ou à l’international, dans une perspective comparatiste. Elles ont éclairé des situations difficiles à investiguer : en Ehpad avec le Centre Max Weber (CMW) ou encore sur les pratiques funéraires.
Parallèlement, l'ANR a publié le panorama [pdf] des projets de recherche financés de mars 2020 à janvier 2021. Sur les 234 projets sur cette période, 15 émanent d'unités de recherche du CNRS en Rhône Auvergne. Deux autres ont par la suite été sélectionnés via un autre appel à projet.
Caractérisation de la réponse immunitaire chez les patients infectés par SARS-COV-2
Projet CHROMACoV
La tempête cytokinique est une caractéristique de l’infection par le SARS-CoV-2. Le projet CHROMACoV propose de décrypter l’impact de la sécrétion des cytokines proinflammatoires (TNF, HMGB1 et IFN-I) dans la modulation de l’axe de signalisation PML NBs/HIRA/H3.3, qui est important dans la régulation de l’expression des gènes stimulés par l’Interferon (ISGs).
Par l'Institut NeuroMyogène
INMG
Projet IFN-COVID19
Le projet IFN-COVID19 a pour but d’étudier la réaction immunitaire innée et notamment le rôle de l’interféron de type I (IFN-I) qui est essentiel pour la protection contre les infections virales. L’efficacité de l’IFN-I recombinant a été démontré pour limiter l’infection de différents coronavirus. Le projet IFN-COVID19 vise à comprendre comment SARS-CoV-2 interagit avec la réponse de l’IFN-I et comment cette réponse de l’hôte contrôle l’infection et la gravité de la maladie. Cette étude permettra également de mettre en évidence des biomarqueurs prédictifs de l’évolution de la maladie. Ce projet est financé par la Fondation pour la Recherche Médicale.
Par le Centre International de Recherche en Infectiologie
CIRI
Projet SIgCOVID (appel à projets "Résilience Covid-19")
Le projet SIgCOVID vise à étudier le rôle de la réponse humorale sécrétoire systémique et muqueuse dans la physiopathologie et la sévérité de la COVID-19. La réponse immunitaire muqueuse est la première ligne de défense dans les infections respiratoires telles que le SARS-CoV-2. Le projet SIgCOVID vise à caractériser les propriétés fonctionnelles de cette réponse et en particulier la réponse IgA contre les variants du SARS-CoV-2. Le projet bénéficie pour cela de l'accès à une cohorte prospective de patients à différents stades de la pathologie COVID-19 et de personnels de santé vaccinés. Les principaux objectifs du projet sont de comprendre le rôle potentiel des IgA dans l'immunopathologie de la COVID-19 mais aussi d'identifier les caractéristiques importantes de cette réponse dans des modèles précliniques prédictifs d'épithélium humain reconstitué qui peuvent contribuer à l'évaluation de candidats vaccins et au développement d'approches d'immunothérapie muqueuse. Ce projet associe les équipes GIMAP et VirPath du CIRI.
Par le Centre International de Recherche en Infectiologie
CIRI
Projet CovidEP (appel à projets "Résilience Covid-19")
L'essai clinique CovidEP évalue l’efficacité des échanges plasmatiques et afin d'éviter l’intubation des patients. Les difficultés respiratoires semblent être, en partie, liées à une forte présence de substances inflammatoires dans le sang (« orage cytokinique ») et à des anticorps anormaux. Ces substances empêchent également l’organisme de se défendre contre le virus et d’autres infections. Les Echanges Plasmatiques (EP) sont des traitements qui permettraient d’enlever les substances en excès. Ils consistent à prendre le sang du patient de manière stérile, à retirer le plasma comportant l’excès de substances anormales et à le remplacer par du plasma de donneurs sains.
Par le Centre International de Recherche en Infectiologie
CIRI
Développement de tests diagnostiques
Le projet AcOstovie est basé sur des détections optiques et acoustiques pour détecter soit le génome viral, les particules virales ou des protéines virales sans marquage. Cette technologie déjà développée pour le diagnostic du virus Ebola sera adaptée pour le SARS-CoV-2. L’intérêt majeur de cette technologie est la rapidité de détection (moins de 30 min), la facilité d’utilisation (pas de nécessité de laboratoire dédié), la robustesse (double détection) et la possibilité de réutiliser partiellement certains réactifs du kit.
Par l'Institut NeuroMyogène
INMG
Recherche de molécules anti-virales et traitements
Le projet NMR-SARS-Cov-2 s’intéresse à la protéine ORF8 dont le rôle dans la réplication virale et l’infectiosité du virus n’est pas encore complètement connu. Grâce à une approche de biologie structurale, la structure tridimensionnelle de la protéine sera réalisée et suivie d’un criblage par fragment afin d’identifier le ou les sites de liaison. L’évaluation de leur druggabilité et l’identification des structures chimiques ouvriront la voie à la conception de médicaments contre ORF8. Ce projet est financé par la Fondation pour la Recherche Médicale.
Par le laboratoire Microbiologie Moléculaire et Biochimie Structurale
MMSB
Le projet CovidNanoMed propose de formuler 6 molécules dans un système nanoparticulaire et de tester leur efficacité antivirale in vitro ainsi que leur relargage dans le tractus respiratoire après administration par voie nasale ou pulmonaire. Les molécules les plus prometteuses bénéficieront d’une nanoformulation, puis des lots précliniques stables et reproductibles seront préparés. Le relargage des drogues dans les lavages bronchoalvéolaires chez la souris et chez le primate non humain sera analysé. La méthodologie mise en œuvre pourra être adaptée très rapidement aux nouvelles drogues caractérisées dans les laboratoires de recherche.
Par le Laboratoire de Biologie Tissulaire et Ingénierie thérapeutique
LBTI
Le projet COERENT vise à mieux comprendre les mécanismes de coévolution et d’entrée du SARS-CoV-2 afin de concevoir et tester des inhibiteurs viraux. L’objectif de ce projet a été conçu dans une optique de médecine translationnelle afin de concevoir et de tester des inhibiteurs de la fusion membranaire pour répondre à la pandémie de la COVID-19. Il prévoit également l’identification ultérieure du mécanisme d’action des inhibiteurs identifiés.
Par le Centre International de Recherche en Infectiologie
CIRI
La stratégie du projet CoronaPepStop est basée sur l’inhibition de l’entrée virale, en utilisant des peptides spécifiques de la protéine, la glycoprotéine d’enveloppe virale. Le projet conduira à l’identification d’une nouvelle classe d’inhibiteurs peptidiques de fusion ciblant les endosomes, à forte activité antivirale et à large spectre, contre plusieurs coronavirus. Ce projet est financé par la Fondation de France.
Par le Centre International de Recherche en Infectiologie
CIRI
Modélisation de la dissémination du SARS-COV-2
Le projet SeparationsPietons étudie les distances entre les piétons dans des scènes quotidiennes, incluant les foules. Cette étude vise à établir des scénarios pour une évaluation des risques de transmission virale. Des modèles existants de probabilité de transmission du virus par voie aérienne en fonction de la distance notamment seront utilisés pour dresser une typologie des situations selon leur niveau de risque de contamination.
Par l'Institut Lumière Matière
iLM
Le projet COVEHPAD a pour objectif principal de mettre en place une plateforme de simulation pour évaluer et améliorer les mesures de contrôle contre la diffusion de la Covid-19 dans les EHPADs et les unités de soins de long durées (USLDs). Les dynamiques de diffusion de l’épidémie chez les personnes âgées en EHPADs ou en USLDs seront décrites et l’impact des mesures de contrôle mises en place ou qui pourraient être proposées seront quantifiées en utilisant un modèle de simulation avec estimation des paramètres de transition.
Par le Centre International de Recherche en Infectiologie
CIRI
Éthique médicale et scientifique
Décisions de quarantaine suivant les régions, politiques de vaccination ou de traçabilité, essais cliniques : la gestion de l’épidémie s’accompagne de nombreuses questions éthiques. Le projet EPANCOPI s’attache à produire un corpus de textes et de vidéos dans le domaine de l’éthique lié à l’épidémie de COVID et à fédérer les chercheurs spécialisés en éthique appliquée, en épistémologie, en philosophie de la médecine et de la santé.
Par le Laboratoire Philosophies et rationalités
de la Maison des sciences de l'Homme de Clermont-Ferrand
MSH Clermont
Perceptions, comportements, cohésion sociale
Grâce aux approches en psychologie sociale et cognitive, le projet Covid-19-SocioDistant propose : d’étudier le rôle des variables (intra-individuelle, situationnelle, positionnelle et idéologique) dans les représentations de la Covid-19, de ses risques pour la santé et de la légitimité des recommandations officielles ; de tester les relations entre ces représentations, les comportements et les intentions de respect ou non de la distanciation sociale ; d’estimer les effets du confinement sur le sentiment d’isolement social, les affects et la perception du temps qui peuvent conduire à la violation des règles du confinement.
Par le Laboratoire de psychologie sociale et cognitive
LAPSCO
Le projet Distancing étudie comment la pandémie et les politiques publiques de distanciation sociale affectent les préférences sociales des individus (en termes de pro-socialité, de confiance en autrui, de perception de la norme concernant la violation de la règle de distanciation sociale). L’approche développée en économie comportementale et expérimentale auprès de 300 participants doit permettre d’appréhender si le repli sur soi et la peur de la contagion conduit à des préférences plus égoïstes et à moins de confiance en autrui ou au développent de la compassion à l’égard des victimes.
Par le Groupe d’analyse et de théorie économique
GATE
Le projet Cofunéraire analyse les conséquences de l’augmentation de la mortalité durant la crise sanitaire sur le secteur funéraire, tant du point de vue des professionnels que des familles. Il s’agit d’observer les pratiques, les arbitrages, les ajustements, les innovations et éventuels conflits en fonction des contraintes relatives à la gestion de la pandémie en France, en Italie et en Suisse. L’approche ethnographique des pratiques des professionnels et du vécu des familles mettra en évidence les conditions de la sécurisation des pratiques tant du point de vue de la gestion des corps que de la ritualité funéraire.
Par le Centre Max Weber
CMW
Organisation, gestion, innovation
De nombreux pays ont mis en œuvre des moyens de transports alternatifs à la voiture ou aux transports en commun, en adaptant l’espace public à l’usage du vélo. Le projet Velotactique analyse les politiques publiques (aménagements et mesures) mises en place, leur évolution, leur réception auprès des usagers et les changements observés dans les pratiques des cyclistes avec un focus auprès des nouveaux utilisateurs. Une cartographie des pistes cyclables et des flux de fréquentation sera égale-ment réalisée. Ces travaux s’appuieront sur une comparai-son entre plusieurs métropoles en France (Besançon, Grenoble, Montpellier, Lyon, Paris, Rennes, Saint-Etienne), en Suisse (Genève, Lausanne), en Amérique du Nord (Montréal) et en Amérique du Sud (Bogota).
Par le Laboratoire aménagement, économie, transport
LAET
Enjeux sociaux, économiques et géopolitiques
Le projet COVIDCO analysera l’effet des politiques mises en place (réduction de la mobilité et de l’activité économique) sur l’intensité de la violence et des conflits dans le monde, dans une approche longitudinale durant le confinement et le déconfinement, prenant en compte les différentes régions au sein d’un même pays. Seront pris en compte : le revenu, l’ouverture au commerce, la production agricole et l’exploitation minière, la présence de groupes religieux différents.
Par le Groupe d’analyse et de théorie économique
GATE